Jean Grey a disparu sous les yeux de son petit ami, Scott Summers, ainsi que sous ceux de son mentor, le professeur Charles Xavier. Pourtant, Scott est persuadé que Jean est encore vivante ; il l'entend dans sa tête. Du coup, il retourne à Alkali Lake, là où tout s'est terminé. C'est alors qu'il va avoir une surprise de taille puisque Jean est bien vivante. Elle semble cependant changée. Mais avant que Scott puisque s'en rendre compte, Jean, qui abrite maintenant le Phénix Noir, le tue en l'embrassant.
Le Phénix Noir est la partie cachée que Jean renferme depuis toujours et que le professeur avait gardée enfouit grâce à des barrières psychiques très puissantes. En retrouvant Jean, le professeur a essayé de remettre les barrières en place, contre l'avis de Logan. Mais le Phénix ne veut plus être enfermé. Du coup, il prend totalement le contrôle de Jean et s'ouvre au monde. Lorsque le professeur va essayer de la ramener, en présence de Magneto qui aimerait bien la rallier à sa cause, sa fureur enfouie va se déchainer.
L'affrontement final, ou X-Men 3, est le dernier volume de la première trilogie de l'univers des X-Men. Beaucoup n'ont pas aimé cette fin. Personnellement, même si je la trouve sans doute moins inspirée que les deux premiers volets (à cause du changement de réalisateur ?), j'ai quand même apprécié. C'est certain, j'ai regretté que Diablo ne soit déjà plus là, mais son maquillage semblait coûter une fortune. Et puis, il y a l'apparition de plein de nouveau mutants pour cet affrontement de la fin. D'ailleurs, c'est ça qui a dérangé pas mal de monde : cette profusion de mutants, comme si les scénaristes avaient voulu en mettre partout, plein la vue. Personnellement, dans cet affrontement, cela me parait complètement logique.
Après, une nouvelle fois, on va retrouver le professeur Xavier qui se fait manipuler d'une belle manière. Bon, il n'est pas face à n'importe qui, mais quand même. On va découvrir le Fléau, ce super vilain que rien ne peut arrêter quand il est lancé. C'est marrant de voir comment il se fait damé le pion par une jeune fille. Wolverine, par contre, devient un vrai sentimental. Il est loin le gars qui insultait tout le monde à tout va. Personnellement, le côté trop gentil m'a un peu gonflé parce que ça ne ressemble pas au personnage.
On notera aussi des incohérences entre ce volet et le dernier X-Men sorti : X-Men : le commencement. Quand le professeur Xavier va voir Jean Grey enfant, il marche encore alors qu'il devrait déjà être en fauteuil roulant. De même, il ne peut être accompagné par Magneto à ce moment, parce qu'ils sont déjà opposés.
Je remarquerai simplement que les pouvoirs de Phénix dans le film, qui sont présentés comme étant fabuleux, dangereux, impressionnants, ne sont rien comparés aux véritables pouvoirs qu'elle avait dans le comic, où elle détruisait des planètes entières avec sa fureur. De plus, elle a un rôle vraiment trop passif alors que c'est elle qui devrait être en avant dans cette guerre, pas reléguée en arrière de Magneto.
Malgré tout, j'ai passé un bon moment en regardant ce film, que j'ai d'ailleurs vu plusieurs fois. Comme quoi