Suite à la dernière attaque gauna, Izana est en soins intensifs. Après plusieurs jours de traitement, Izana retrouve la douceur de sa colocation avec Yuhata, Nagate et Tsumugi. Confortablement installés autour d'un kotatsu, ces derniers sont surpris par Ren et En Honoka qui sont à la poursuite d'un monstre à tentacules qui les a observées quand elles étaient nues dans la salle de photosynthèse. A deux doigts de se faire attraper, Tsumugi effraie les jumelles en prenant l'apparence d'un monstre terrifiant.
En fait, le monstre à tentacule n'est autre que Kanata, le second hybride élevé par le docteur Shinatose. Plus instable que Tsumugi, le docteur est obligé de le connecter à une unité de contrôle cérébrale pour le contrôler. Malgré ce dispositif, Kanata désobéit et force l'enceinte de la salle d'expériences pour rejoindre un gauna en train de naître sur la coque de Sidonia. Ce gauna est arrivé sur le laboratoire de Xénobio quelques temps auparavant, sans être détecté par les radars car il était minuscule. Xénobio et son assistante ayant couvert son développement afin de l'étudier, il éclot au moment où les sentinelles passent à l'attaque.
Entretemps, le tentacule de Kanata passe par le laboratoire de Xénobio et y découvre ses expériences. Bouleversé, il déploie l'émetteur de gravitons intégré dans sa tête et tire, détruisant le gauna et la moitié du satellite de Nine et laissant un trou béant dans Sidonia.
Voilà un tome où les amateurs de combat spatiaux seront déçus. L'action se passe quasi entièrement dans Sidonia, principalement autour du docteur Shinatose. La vie n'y est pas tranquille quand on découvre que Xénobio laisse se développer un gauna sur la coque de Sidonia ; que le développement de l'hybride numéro deux, instable et équipé d'un émetteur de gravitons, a provoqué l'une des plus grosse catastrophe à bord du vaisseau ; et qu'enfin, Shinatose complote afin que Nagate et Izana passent deux jours ensemble dans l'un des plus beaux jardins de Sidonia.
Les défauts des albums précédents sont toujours là. Sans aucune transition, les actions s'enchaînent et il faut bien une seconde lecture pour s'apercevoir qu'il vient de s'écouler plusieurs jours entre deux pages. Néanmoins, des questions sans réponse s'accumulent (faut-il poursuivre le développement de l'hybride et risquer la destruction de Sidonia ? Que va-t-il se passer entre Nagate et Izana ?, ...) et on est impatient de découvrir les prochains tomes.