Telluru, Yuhata, Nagate, Izana, Tsumugi et une vingtaine de sentinelles embarquent dans le nouveau croiseur de bataille Mizuki en direction de l'étoile Lem. Ils assurent la protection d'une cargaison expérimentale secrète.
Peu après le départ et poussé par la curiosité, Tsuruushi passe par les conduites d'aération pour aller au hangar de stockage. Mais il se trompe et il arrive au-dessus de la salle de photosynthèse des femmes. Il est surpris par Ittan mais il n'est pas attrapé, ce qui déclenche une enquête générale et les soupçons se portent sur Nagate, qui était en train d'ouvrir une trappe d'aération pour permettre à Tsumugi de le rejoindre.
Le calme est de courte durée, car un essaim gauna se matérialise sur le trajet du Mizuni. Le combat s'engage aussitôt avec les sentinelles. Emporté par un début de combat trop facile, Sho, nouveau clone des surs Honoka, s'approche dangereusement de l'essaim. C'est à ce moment qu'une multitude de gaunas sortent de l'essaim et débordent les sentinelles de tous les côtés. Les gaunas capturent trois sentinelles, dont celle de Sho, qu'ils emportent dans l'essaim. Les survivants sont obligés de se replier dans le Mizuki. Yuhata stoppe alors le combat, ne sachant pas si les pilotes sont encore en vie.
Sho se réveille dans l'essaim. Elle est en dehors de sa sentinelle et bizarrement elle parcourt librement l'essaim. Au détour d'une salle, elle découvre une multitude de gaunas prêts à éclore et elle séchappe par une fine ouverture. Flottant dans l'espace, Sho attend qu'une sentinelle vienne la secourir ... Mais personne ne viendra, car elle fait dix-sept mètres de haut !
Ce tome nous laisse sur notre faim. Le Mizuni transporte une cargaison que nous ne connaissons pas, car il n'est pas encore arrivé à destination. Tsutomu Nihei nous gratifie de quelques - jolies - vues dans les salles de photosynthèse féminine, mais la situation n'évolue pas entre les personnages principaux. Ensuite, le combat qui occupe la majeure part de cet opus n'est pas trop réussi. D'abord parce que quatre des clones des surs Honoka prennent part au combat, ce qui le rend encore plus difficile à suivre que les précédents. Enfin parce qu'Yuhata détruit l'essaim en faisant faire une glissade façon voiture de course à un croiseur de sept cent vingt-trois mètres de long.
Par contre, la tactique des gaunas semble avoir changé et s'être adaptée aux dernières armes humaines. Les survivants du Sidonia arriveront-ils à relever les prochains défis qui leur seront posés ?