Le tir de l'émetteur de gravitons n'a fait que détruire le premier corps de l'hybride numéro deux. L'esprit du professeur Ochiai caché dans un second corps prend possession de celui-ci. Animé par son désir de vengeance, il se reforme et s'apprête à détruire Sidonia après qu'un de ses espions ait gravement blessé l'amiral Kobayashi. Heureusement, madame Sasaki et les techniciens de Toa Industies réussissent à le toucher en tirant à travers la coque du Sidonia avec l'émetteur de gravitons en cours de construction. Quasi détruit, Ochiai parvient néanmoins à échapper aux sentinelles.
Quelque temps plus tard, Nagate se réveille de ses soins. Il retrouve sa maison vide car les flottes d'assaut sont parties en direction du grand essaim pendant sa convalescence. Il reçoit la visite de l'amiral Kobayashi, qui l'entraîne dans une vieille partie du secteur résidentiel pour lui confier des informations importantes sur le passé du Sidonia. Elle, comme madame Hiyama, Hiroki Saito et le professeur Ochiai, faisait partie de l'assemblée des immortels. Elle-même a plus de sept cent ans... et Nagate est un clone de celui qu'il prenait pour son grand-père, le pilote d'élite Hiroki Saito !
Alors que l'armada est à mi-chemin, la seconde flotte d'assaut est attaquée par un essaim de cent mille gaunas. Tsumugi et les sentinelles protègent du mieux qu'elles peuvent l'émetteur de gravitons, mais les gaunas sont trop nombreux. Ils arrivent à le détruire, provoquant une explosion qui détruit tous les belligérants sur le champ de bataille. Impuissant sur le Sidonia, Nagate demande la permission d'y aller, mais lamiral refuse et lui demande d'attendre que le MK-XX soit terminé. Le sort en décide autrement. Le MK-XX n'est pas encore complétement testé qu'Ochiai sest régénéré et se dirige à grande vitesse vers les convertisseurs autour de Lem alors que la première flotte d'assaut n'y arrivera pas à temps.
Au même moment, vingt-neuf essaims gaunas se matérialisent devant cette flotte d'assaut et six essaims approchent du Sidonia dont les défenses sont affaiblies par lassaut général sur le grand essaim. L'amiral Kobayashi ne dispose que de deux heures pour revoir sa stratégie alors que seule la flotte de reconnaissance semble avoir une chance de survie...
Les rebondissements s'enchaînent à toute vitesse et chaque chapitre semble contenir un élément important pour les suivants. Si les combats contre Ochiai et les essaims gaunas occupent la majorité de laction, les événements dans le Sidonia n'en sont pas moins primordiaux. L'amiral Kobayashi se dévoile et on perçoit qu'elle n'est pas que le chef implacable et froid qu'elle semble être quand elle arbore son masque, ce qui rend ses décisions quant à laffrontement à venir dautant plus douloureuses. Et le rapprochement entre elle et Nagate que lon devine est-il sincère ou est-ce une manuvre pour sassurer de la fidélité de Nagate ?
Autre événement important, Norio Kunato se réveille. Libéré de l'esprit d'Ochiai, il s'entraîne durement et il est prêt à en découdre avec les gaunas. Juste avant le décollage, il donne des conseils sur la façon de penser d'Ochiai à Nagate. Suffiront-ils à le battre ? Nagate, partagé entre son désir d'aller au secours de Tsumugi et son devoir envers Sidonia, prendra-t-il les bonnes décisions ?
Si on peut regretter encore une fois le manque d'indications sur le temps qui passe entre les principaux événements, Tsutomu Nihei réussit un excellent tome avec des personnages qui deviennent de plus en plus intéressants. La situation est critique pour le Sidonia et les humains quil abrite et on a vraiment envie de savoir si les espoirs placés dans le MK-XX et Nagate seront couronnés de succès.
